农作物秸秆和畜禽粪便堆肥发酵有机肥，秸秆和粪便生产生物有机肥技术，采用先进的堆肥发酵技术，接种高速高效堆肥发酵菌发酵菌剂，使得秸秆纤维素迅速分解转化，各种病原菌、杂草种子和蛔虫卵等均得到杀死，生产稳定性较强、养分种类齐全的生物有机肥是养殖场畜禽粪便的好去处。秸秆与粪便生产的生物有机肥含有作物生长所需的氮、磷、钾等大量元素，又含有硫、钙、镁、锌、硼、钼、铜和铁等中微量元素，而且大多以有机形态存在。既可满足作物生长需要，还可提高作物对不良环境的适应能力。与化肥相比，有机肥具有不偏肥、不缺素，稳供、长效等特点；既使秸秆废弃物的无害化处理，又可以通过生物有机肥增产增效，实现生态效益和经济效益的统一。

随着畜禽养殖业的发展，养殖数量不断增加，畜禽粪便排放量也越来越多，由此造成的环境污染也日趋严重并引起社会高度关注。许多国家包括我国在内的一些大中城市已将或正在将畜禽养殖场整体从近郊迁至远郊，但这并不能从根本上解决畜禽业造成的环境污染问题。如何正确进行畜禽粪便处理，做到既保护环境，又能变废为宝，是事关畜禽养殖业可持续发展的大事。

生物质能主要来自农作物秸秆和畜禽粪便，农作物秸秆一般一部分被用来还田，另外一部分被直接用于燃烧发电。如1999年全日本农作物秸秆约5000万吨，畜禽粪便排放量9400多万吨，作为能源的利用量达200万吨油当量，全部用来发电，总发电量近100亿千瓦/时。

畜禽粪便主要通过堆肥发酵菌堆肥发酵的方式加以处理，然后用于还田。加大对作物秸秆、人畜粪便、生活垃圾等有机废弃物的无害化处理和资源化利用，是有效地改善农村脏、乱、差现状和建设新农村的关键所在。农作物秸秆等有机废弃物资源化利用是按照农业资源循环利用的原理，将秸秆作为肥料、饲料、燃料等，实现农作物秸秆资源的有效利用。这里重点介绍利用秸秆和粪便生产生物有机肥、秸秆气化和沼气生态能源技术。

对于不同类型的畜禽而言，粪便处理的方式略有不同。肉用牛和鸡粪将被直接用来进行堆肥，经过发酵和干燥等处理以后，作为还田的有机肥料。而奶牛和猪粪将首先采取固液分离的措施将固体粪和尿液分离，对于固体粪将使用与肉用牛和鸡粪相同的堆肥处理方法，并最终以有机肥的形式还田；而对于液体尿水，则通过暴气式好氧处理方法，使其达到废水排放标准，而最终排放到附近的河流或湖泊中。

广泛采用堆肥方式处理畜禽粪便，主要是得益于以下几个方面好处：
（1）畜禽粪便在堆肥过程中，由于微生物发酵产生60——80度的温度，可以有效地消灭畜禽粪便中各种病原体和寄生虫卵的存活；
（2）经过堆肥发酵后，粪便中可以产生一些有利于植物生长的物质，从而防止农作物生物生育障碍；
（3）堆肥发酵过程中所产生的热量，可以杀灭畜禽粪便中杂草的种子，避免施用以后杂草的孳生；
（4）经过合理有效的堆肥处理，还可以减轻粪便的恶臭对空气的污染，并且便于长途运输和储存。
（5）堆肥后粪便中的有机质极易分解，因此可以降低施用后对地下水所造成的污染。