有些地方将畜禽粪便排出的粪便未经任何处理而直接施入田间，这样表面看似无需粪便处理设备，节省了费用，省去了粪便处理的时间，好像在农作物需肥高峰，有机肥料供应不足的情况下，畜禽粪便能作为有机肥料迅速供给，但是畜禽粪便不加任何处理而直接用作肥料存在许多缺点，归纳如下：
一、传染病虫害

粪便中含有大量的大肠杆菌、线虫等有碍健康的微生物，直接施用会导致病虫害传播，使作物易发病，污染环境，对人体健康产生不良影响；未腐熟的有机物质中还携带植物病虫害，直接施入土壤后会导致植物病虫害发生蔓延。
二、烧苗

未发酵的粪便直接施入土壤后，一旦具备发酵条件，微生物便活跃，生粪发酵，当发酵部位距植物根系较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时会导致植株死亡，既烧苗。
三、毒气危害

粪便在发酵分解过程中会产生二氧化硫、氨气等对植物和环境有害的气体，使作物产生损伤，气体散发到空气中污染环境。
四、土壤缺氧

有机物质在分解过程中消耗土壤中的大量氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，作物生长会受到抑制。
五、肥效减缓

未发酵腐熟的有机肥料中的养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被植物吸收利用。所以未经发酵的有机肥料直接施用会使肥效减慢。
六、污染环境

养殖场尝尝采用直接施用方式消纳粪便，在农作物施肥高峰时粪便还可处理掉；但在施肥淡季，粪便无人问津，只好任凭堆积，分吹雨淋，肥效流失，到处粪便，臭气熏天，污染环境。
七、运输不便

未经过处理直接施用的粪便，其体积大，有效性低，运输不便，使用不方便。
为了防止畜禽粪便引起的环境污染问题，提高施肥效果，要求粪便必须处理后才施入农田。随着我国人民环保意识的增强和施肥法规的完善，必须将畜禽粪便腐熟后才能施用。

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