通常农家肥有鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪等畜禽粪便，微元堆肥发酵菌是专用处理农家肥畜禽粪便堆肥发酵的微生物发酵菌种，堆肥发酵菌具有生物除臭、堆肥腐熟完整、发酵速度快等功能，堆肥发酵时温度能达到65℃以上，有效杀死农家肥畜禽粪便发酵物中的有害菌、虫、虫卵、草籽并降解抗生素残留等。农家肥鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪等畜禽粪便是发酵生产生物有机肥的优选有机肥原料。

农家肥畜禽粪便堆肥，鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪等畜禽粪便为什么需要利用农运来堆肥发酵菌微生物菌剂来处理呢？是因为在热带和亚热带地区，全年中大部分时间都很温暖，因而堆肥过程很少利用嗜冷微生物。大多数堆肥过程都是由嗜温微生物从中温开始的，嗜热微生物也能将堆肥的温度升至热温范围。

微元堆肥发酵菌在堆肥中的微生物在分解过程中产生大量的热来给堆肥加热。45-60℃以上在适当保存的堆肥中属于正常温度。这种高温对快速分解是必需的，而且有利于破坏杂草的草种、昆虫的幼虫、有害细菌等，并能抑制某些疾病的滋生，以免这些疾病产生有害微生物阻碍植物的正常生长。

微元堆肥发酵菌是一种高温速效复合微生物菌剂，可使堆料温度很快上升，快速、充分发酵腐熟，约10-15天即可完全腐熟（视环境温度而调整）；通过持续高温和微生物平衡，抑制堆料中的有害菌、虫、虫卵、病原菌滋生；可以分解产生恶臭气体的有机物质、有机硫化物、有机氮等，并抑制腐败微生物的生长；在堆肥的过程中养分由无效态和缓效态变为有效态和速效态；形成具有优良吸水保湿特性的聚麸胺酸（γ-PGA）天然材料，防止肥份和水份的流失，从而达到富集养分作用。

农家肥不但含有各种大量和中微量元素，而且含有一些能刺激根系生长的物质以及各种有益土壤微生物；农家肥基本都是在农村中就地取材，就地积制，故来源广，成本低；农家肥中大部分养分都以复杂的有机态存在，需经微生物转化分解才能释放出各种有效态养分供作物吸收，这个过程较慢，因此肥效慢，但肥效长；农家肥中含有丰富的腐植酸，能促进土壤团粒结构的形成，使土壤变得松软，改善土壤水分和空气条件，利于根系生长;增加土壤保肥保水性能;提高地温，促进土壤中有益微生物的活动和繁殖等。

农家肥堆肥腐熟发酵，农家肥的堆积方法分为普通堆肥和高温堆肥两种，普遍堆肥酵温度较低，且腐熟过程中成分变化不大，所需堆制时间较长。高温堆肥是以含纤维多的原料为主，加入适量的马粪和人尿，加入微生物堆肥发酵菌种一起发酵，发酵的温度较高。堆肥过程是一个对植物遗体及其他一年生植物的分解过程，该过程中能产生一些对室内植物或富饶菜园土地非常有帮助的物质。