微元纳豆芽孢杆菌能快速分解水生动植物残体、粪便、饲料残渣等，纳豆芽孢杆菌菌粉具有快速改善水质、除臭、抑菌、消毒等功效。纳豆芽孢杆菌菌粉对水产养殖具有起到水质净化、水质除臭的作用，有效降解水中有机质，改善水色，抑制有害藻类的过度繁殖，消除底部淤积，改良底质，降解低金属离子毒性和死亡藻类以及原生动物代谢造成的毒性，增加水体活力，加快水体内部循环，提高水体透明度，调节PH值，保持水质“肥、活、嫩、爽、稳”。

微元纳豆芽孢杆菌有效降解高分子物质为低分子物质，促进营养成分的吸收，提高饲料的利用率，同时还能抑制病害微生物的生长，提高水产动物的免疫力，增强水产动物的抗病能力，减少疾病的发生，提高成活率。

微元纳豆芽孢杆菌对水产中的弧菌、大肠杆菌和杆状病毒等有害细菌有很强的抑制作用，有效预防水产动物肠炎，烂鳃等疾病；纳豆芽孢杆菌菌粉分泌大量几丁质酶的功能，几丁质酶可分解病原真菌的细胞壁而抑制真菌病害，分解养殖池中的有毒有害物质，净化水质；纳豆芽孢杆菌菌粉分解池中残饵、粪便、有机物等,具有很强的清理水中垃圾小颗粒的作用。

微元纳豆芽孢杆菌改善有害蓝藻泛溢造成的水质浑浊问题，水质由浑变清，具有很强的净化水质功能，具有较强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶的活性，促进饲料中营养素降解，使水产类动物对饲料的吸收利用更加充分；纳豆芽孢杆菌菌粉可以减少水产动物病害发生，可以大大提高水产产量，从而提高经济效益，生物环保，刺激水产动物免疫器官的发育，增强机体免疫力。

使用微元纳豆芽孢杆菌发酵水产饲料，纳豆芽孢杆菌进入动物肠道后，能迅速繁殖，产生大量的维生素、氨基酸、多种酶促生长因子，提高饲料利用率，抑制病原菌的繁殖，减少疾病的发生，并能生成多种蛋白酶（特别是碱性蛋白酶）、糖化酶、脂肪酶、淀粉酶，降解植物性饲料种某些复杂的碳水化合物，从而提高饲料的转化率。

水产养殖水处理使用微生物纳豆芽孢杆菌，有效改善养殖环境，降低养殖环境有害物质的产生，纳豆芽孢杆菌大量生长繁殖，能有效分解养殖过程中产生的粪便、残饵、腐烂的尸体等有机污染物，减少有害物质NH2-N、NO2-、H2S等的生成。改善养殖动物的品质，使养殖品种皮毛色泽光滑发亮、肉质鲜美、口感好，减少抗生素的使用，同时减少其它药物在动物体内的残留，提高食用安全性。