微元微生物水质净化剂最主要的作用就是处理水质与净化水质，微生物水质处理技术是最先进水产养殖水质处理技术，微生物水质净化剂具有很强的净化水质的功能，能够快速分解水生动物粪便、饲料残渣、水生动植物残体、有机碎屑等；微生物水质净化剂有益菌大量繁殖，抑制有害菌群；吸收并分解氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等；增加水体中溶氧量；降低COD、BOD、SS；调节水体pH值；防止水体富营养化；改善水质和底质。特别适用于水质易恶化、黑底、臭底、泛塘等情况。

养殖池塘中的水色主要由水体中的单胞藻及浮游动物的品种及数量决定的。养殖池塘理想的水色为嫩绿色、茶褐色和黄绿色。危险水色有酱油色、死黑色、乳白色、黄泥色及水面上有较多的漂浮灰土色丝状物质或难以消散的泡沫等。

微生物水质净化剂在水产养殖鱼虾池塘水质处理技术，黄泥色主要由于大量颗粒悬浮，造成透明度降低，藻类难以繁殖所致。泼石灰，或含有绿化铝药物，次日泼洒肥水素即可。水面出现泡沫和灰土色丝状物质，是水体过肥之故，使用芽孢杆菌即可。

养殖中后期水体易产生蓝藻，趁被集中吹至下风角落时刻，对蓝藻面泼洒硫酸铜或者红霉素，此法不能一次性除尽，宜多次重复才能减少蓝藻。另外，还可以通过换去上层水的办法降低蓝藻数量。其它不良藻相的水质，宜使用二氧化氯等较强的消毒药物处理，一周后使用单胞藻种培育优良藻相，以稳定水色。

微元微生物水质净化剂中的微生物在水产养殖同化食物链和异化食物链中具有重要地位，水质处理剂它们通过光能合成 、化能合成和对有机物质的转化能力在水体生产中占有相当的比重。目前，主要应用于水产养殖的微生物包括水产养殖水质处理剂、光合细菌、芽孢杆菌 、复合有益微生物等。发现芽孢杆菌对 降低水体氨氮和 COD有较强作用，而乳酸菌对分解亚硝酸盐有帮助。微生物制剂还能减少底质 中氮、磷、硫等营养盐 的积累，改善池塘底质的菌相。水产养殖水质处理剂的使用 ，对建立 良好的水域微生态环境，进行生态健康养殖具有重要作用 。

微元微生物水质净化剂的作用机理主要表现在微生物的生理代谢特点与微生物的生长繁殖方式两方面。通过有益菌群的正常代谢，产生乳酸、乙酸、丙酸等降低机体内环境的pH值；产生过氧化氢杀灭一些潜在病原菌；微生物水产养殖水质处理剂产生一些代谢产物使肠道内氨和胺的浓度下降；产生酶素促进物质分解；合成B族维生素、产生抗菌物质；微生物水产养殖水质处理剂产生非特异性免疫调节因子，提高动物抗体水平和巨嗜细菌活性，其作用前提是有益菌成为系统中的优势菌。同时微生物的夺氧和屏障作用也是其作用方式。