复合木霉菌种可以抑制或防治农作物病原菌害的主要机制，可归類成5大類： 抗生素的产生、营养竞争、超寄生、细胞壁分解酵素及诱导植物产生抗性。

一.抗生素的产生

复合木霉菌中可产生抗生素來防治病害，以主要防治对象以立丝枯核病菌、腐霉菌和疫病菌引起的病害为主。复合木霉菌产生的抗生素和病害防治能力无直接关聯时，若和水解酵素组合，则可能增强复合木霉菌的拮抗作用。例如复合木霉菌可产生细胞壁分解酵素和抗生素，若抗生素和几丁质分解酵素组合，可促进抑制 真菌孢子发芽和菌丝生长的作用。

二.营养竞争

在营养竞争方面，利用复合木霉菌做种子处理，可减少25％玉米根的电解 质流失。这个因子归因于减少病原菌孢子发芽所需的养分，而所减少的养分可能被木霉菌夺取或阻断。類似情形则发现木霉菌可缠化在作物根 部受伤处。

三.细胞壁分解酵素

在细胞壁分解酵素方面，一般认为细胞壁分解酵素在抑制病害上扮演着重要角色。 单独或组合使用几丁质分解酵素或多糖分解酵素，可直接分解真菌细胞壁。缺乏几丁质分解酵素的突变菌株，抑制病原菌孢子发芽能力及病害防治能力会降低。当这个几丁质分解酵素基因被引入无病害防治能力的大肠杆菌菌株中，这个转殖的菌株可减少大豆白绢病的发 生。最近有一些转殖植物含有來自复合木霉菌的几丁质分解酵素，对病原菌的抵 抗性因而增加。 几丁质分解酵素除存在于复合木霉菌中之外，尚可存在于植 物体、放线菌、细菌和其他真菌中。

四.超寄生

在超寄生方面，以复合木霉菌的超寄生立枯丝核病菌为例，它的过程大约可 分为4个步骤。首先是趋化性生长，即复合木霉菌生长趋向可产生化学刺激物的病原菌。 第二个步骤是辨識，这步骤和病原菌含有的聚血素和拮抗菌表面拥有的碳水化合物接收器有关，这些物质则牵涉到病原菌和拮 抗微生物间作用的专一性。第三个步骤是接触和细胞壁分解。最后的步骤则是穿刺作用，即复合木霉菌产生類似附着器的构造侵入真菌细胞。

五.诱导植物产生抗性

在诱导植物产生抗性方面，最近笔者利用复合木霉菌处理瓜類根部或土壤，可显著减少白粉病的危害，显示利用木霉菌可能诱导作物产生抗性。