生物菌有机肥发酵制作技术，生物菌有机肥堆肥过程是一个微生物过程，能将有机废物转化成稳定、卫生、类腐殖质的产品以便改善土壤成分。通过向堆肥固有的天然微生物菌群中添加经过筛选、驯化、培养和改良的、具有更好的生存能力和更快的繁殖能力且产酶能力强的、高度浓缩的有益菌群，将会加强有机质的分解。有益微生物的有效结合将大大减少堆肥的发酵时间，减少有机废物，为从有机废物中回收养分提供了一种有效方法。

堆肥过程利用有益微生物和高等动物生命体来分解工业、城市和农业废物中的有机质；固体废物中的有机质也可在堆肥过程中通过生物的方法被分解。该过程中有机固体废物会被好氧、嗜温和嗜热的微生物分解。堆肥中的有机质为微生物提供食物，而微生物则维持土壤的健康与平衡。节约垃圾掩埋场地，减少因垃圾掩埋沥出液所造成的土地污染和水污染。可用作农田或菜地的施用肥，改善土壤结构、纹理与通风，增强土壤的保水能力；疏松粘质土壤，帮助沙质土保存水分；改善土壤肥度，刺激植物根系的健康生长；微生物在摄取食物的同时能产生氮、磷、钾，因而可减少化学肥料的投入，降价成本；是最好的自然界覆盖物与土壤改良剂。

堆肥过程是一个对植物遗体及其他一年生植物的分解过程，该过程中能产生一些对室内植物或富饶菜园土地非常有帮助的物质。在自然界，有机废物会在生化过程中被分解。蠕虫、昆虫、真菌、细菌和其他微生物都能将废物“嚼碎”。好的发酵过程会给微生物提供适宜的环境条件。发酵菌是由几十亿个消耗农业、工业和城市废物的微生物（包括真菌、细菌等）制成的。这些微生物会慢慢地将各种废物分解掉。分解的产物又通过氧化（空气中）、还原和水解（水中）反应被进一步转化。

在热带和亚热带地区，全年中大部分时间都很温暖，因而堆肥过程很少利用嗜冷微生物。大多数堆肥过程都是由嗜温微生物从中温开始的，嗜热微生物也能将堆肥的温度升至热温范围。堆肥中的微生物在分解过程中产生大量的热来给堆肥加热。32-60℃在适当保存的堆肥中属于正常温度。这种高温对快速分解是必需的，而且有利于破坏杂草的草种、昆虫的幼虫、有害细菌等，并能抑制某些疾病的滋生，以免这些疾病产生有害微生物阻碍植物的正常生长。
发酵原住微生物菌群的添加能够提高分解速度与效率，因为这些菌群是经过筛选、调试、培养并改良的高浓缩细菌与真菌混合物。这些菌种被选来更好的生存与繁殖、同时制造酶并分解有机废物，从而在堆肥生成过程中加速有机质的分解。

分解木质纤维素菌体的标准概念是先打开纤维结构使糖可用于不同微生物的新陈代谢。微生物利用纤维素酶、木聚糖酶、-淀粉酶、分解木质素的酶等在堆肥中从纤维素、半纤维素、淀粉和其他碳水化合物里释放糖分。目标菌在堆肥中的生长加强了，就能有效抑制杂菌和脊椎动物的生长，从而防止产生臭味和致病菌等有害物质。