微生物菌剂水肥一体化是在灌溉的时候肥料已经溶解在水中浇水的同时也是施肥的过程，这时植物所需要的营养可以通过水溶性肥料来获得即节约了用水节省了肥料又节省了劳动力。 即水溶性肥料最大的优点——节水、省肥、省工。水肥一体化微生物菌剂土壤浇灌，通过土壤浇水或者灌溉的时候，先行混合在灌溉水中，这样可以让植物根部全面地接触到肥料，微生物菌剂通过根的呼吸作物把化学营养元素运输到植株的各个组织中。

水肥一体化微生物菌剂把水溶性肥料先行稀释溶解于水中进行叶面喷施，或者与非碱性农药常用大部分农药都是非碱性的一起溶于水中进行叶面喷施，通过叶面气孔进入植株内部。水肥一体化微生物菌剂对于一些幼嫩的植物或者根系不太好的作物出现缺素症状时是一个最佳纠正缺素症的选择，极大地提高了肥料吸收利用效率，节约地植物营养元素在植物内部的运输过程。

水肥一体化是借助压力灌溉系统，将可溶性固体肥料或液体肥料配兑而成的肥液与灌溉水一起，均匀、准确地输送到作物根部土壤。采用灌溉施肥技术，可按照作物生长需求，进行全生育期需求设计，把水分和养分定量、定时，按比例直接提供给作物。压力灌溉有喷灌和微灌等形式，目前常用形式是微灌与施肥的结合，且以滴灌、微喷与施肥的结合居多。微灌施肥系统由水源、首部枢纽、输配水管道、灌水器四部分组成。水源有：河流、水库、机井、池塘等；首部枢纽包括电机、水泵、过滤器、施肥器、控制和量测设备、保护装置；输配水管道包括主、干、支、毛管道及管道控制阀门；灌水器包括滴头或喷头、滴灌带。

微生物菌剂是指一类含有活微生物的特定制品。它是以微生物生命活动的过程和产物来改善作物营养条件，发挥土壤潜在肥力，刺激作物生长发育，抵抗病菌危害，从而提高作物产量和品质。它不象一般的肥料那样直接给植物提供养料物质。微生物菌剂的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌菌剂、放线菌菌剂(如抗生菌类)、真菌菌剂(如菌根真菌类)、固氮蓝藻等；按其作用机理分为根瘤菌类菌剂、固氮菌类菌剂、解磷菌类菌剂、解钾菌类菌剂；按其制品内含物可分为单纯的微生物菌剂和复合(或复混)微生物菌剂等。例如，金宝贝微生物菌剂属于真菌菌剂，固氮类菌剂和复合微生物菌剂。

水肥一体化微生物菌剂含有大量的有益活菌物质及多种天然发酵活性物质，在根区土壤繁殖形成有利于作物生长的微生物优势菌群，调节根际营养环境，恢复土壤微生态平衡。水肥一体化微生物菌剂在其生命活动过程中本身还产生各类植物生长激素，刺激植物生长，同时抵抗某些病原微生物而产生抑制病害作用，因而微生物肥料具有提高土壤肥力、增强抗病能力、促进生长、提高产量、改善品质的作用。

水肥一体化微生物菌剂增进土壤肥力，这是微生物菌剂的主要功效，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和保护植物根免受病原微生物的入侵和土壤颗粒的损失。水肥一体化微生物菌剂增强植物抗病和抗旱能力，有些微生物菌剂的菌种接种后，由于在植物根部大量生长繁殖，成为植物根际的优势菌，除了它们自身的作用外，还由于它们的生长、繁殖、抑制或减少了病原微生物的繁殖机会，有的还有拮抗病原微生物的作用，起到减轻植物病害的功效。菌根真菌则由于在植物根部的大量生长，其菌丝除了吸收有益于植物的营养元素外，还可增加水分吸收，利于提高植物的抗旱能力。