微生物冲施肥的作用有效促进植物根系生长，保护植物充分吸收养分的同时，植物也为其提供了养分。促进根系发育，养分吸收更加强劲；有效预防根腐，烂根等根系病害，减少农药的使用量，提高作物品质。微生物冲施肥中的生物菌群能通过土壤吸收养分，尤其是对钾和存在于磷酸盐（PO43-）中磷的吸收效果突出．并将这些养分转移给植物来弥补根部生长不良的缺陷。这些有益生物菌与植物形成一种共生关系，刺激植物根部的分枝并增大根部吸收面积，起到固氮、解磷、解钾、促进植物根系生长并保护植物不受致病菌侵害的作用。

水溶生物菌冲施肥菌在农作物种植中的应用，增强其抗盐、杭旱、保持水分平衡的能力从而促进植物本身的生长发育。蔬莱、果树、大姜、草莓等与有益生物菌群有共生关系的植物在以下方面性能更好：耐土壤高温、调节PH值、抗致病菌侵害以及抗重金属毒性。可有效提高植物对冻害和干旱等不良环境的抵抗能力，预防冻害和旱害。

微生物冲施肥营养全、易吸收、见效快。不仅含有氮、磷、钾三要素和氨基酸及高含量有机质，其中更富含特定功能微生物及其分泌的多种代谢产物。微生物冲施肥含有特定菌种可在土壤中繁殖，在繁殖过程中产生有机酸、生物酶等代谢产物，达到提高肥料利用率的目的。配比合理，营养全面，水溶性好，微生物冲施肥施肥后为作物提供大量营养物质，提高作物吸收力和养分利用率，营养吸收率能达到80%以上，冲施后12—24小时即可见效，而且肥效长。

微生物冲施肥冲施后能够调节植物机体抗御能力，抑制许多病原菌的孳生蔓延，从而起到减轻病害的作用。微生物冲施肥含有特定菌种可在土壤中繁殖，在繁殖过程中产生赤霉素、吲哚乙酸、细胞分裂素、甲壳素、氨基多糖等多种生理活性物质和蛋白质氨基酸类物质，该类物质可促进作物快速生长，达到增产提质的作用。微生物冲施肥有效预防瓜果、蔬菜、花卉等因杂菌引起的死株，对重茬、立枯、青枯、根腐等各种病害有显著辅助治疗效果。同时对各种缺素症也有一定的防治作用。