功能菌是微生物肥料功能菌的简称，功能菌的使用可以在肥料发酵成熟的末端添加混合在肥料中，也可以与成品在施用时混合一起使用。功能菌加入到不同肥料一起使用有不同的效果与作用，功能菌可以加入到生物肥料、有机肥料、生物有机肥、微生物肥料以及水溶性肥料冲施肥、叶面肥、复合肥、有机无机复混肥、大量元素水溶肥、中量元素水溶肥以及微量元素水溶肥中一起使用。

功能菌根据其功效与作用的不同区分，可以分为生物功能菌、肥料功能菌、保水保肥功能菌、水溶耐盐功能菌、抗旱保水功能菌、生物肥料功能菌、冲施肥功能菌、叶面肥功能菌、复合肥功能菌、有机肥功能菌、生物菌肥功能菌、菌肥功能菌等。如微元生物功能菌，菌种纯、活菌数高、无杂菌；促进农作物生长，提高农产品品质，预防病害；改良土壤，溶解无效态磷；耐高温，在造粒烘干过程中不失活，能长期保存等功效与作用。

功能菌加入生物肥料种植农作物的作用，功能菌中的生物菌群能通过从土壤中吸收养分，尤其是对钾和存在于磷酸盐(PO43-)中磷的吸收,并将这些养分转移给植物来弥补根部生长不良的缺陷。植物与真菌间的共生作用能够促进植物的生长，同时也为真菌提供营养。功能菌中的自生菌通过与植物形成互利共生关系而起到固氮、解磷、解钾、促进植物生长并保护植物不受致病菌侵害的作用

功能菌加入水溶性肥料中的作用与功效，功能菌加入水溶肥冲施种植农作物的作用，功能菌含的有益真菌能在植物根部内外生长。这些真菌是专用菌，能与大量对其所依附的主体植物有利的因素相匹配。真菌生长在主体植物的根部，并与主体植物形成共生关系。事实上，根部长有这些真菌的幼苗在移栽后生长的更快更好。真菌共生体从植物上得到了保护和食物，而植物反过来也获得了大量好处，更好的吸收磷，抗盐，抗旱，保持水分平衡以及促进植物本身的生长发育。与有益微生物有共生关系的植物在以下方面性能更好：耐土壤高温，抗致病菌侵害，抗重金属毒性。蔬菜，饲料作物，花，树木等都有专用的有益真菌。

功能菌加入到菌肥或者生物菌肥中的作用与功效，功能菌加入生物菌肥中具有固氮菌在土壤中能够独立进行固氮，具有较强的固氮能力，并且能够分泌生长素，促进植株的生长和果实的发育。菌肥功能菌解磷解钾菌可将土壤中不被农作物吸收的无效钾和无效磷，转化为可被农作物吸收利用的速效钾和速效磷，同时释效土壤中硅、锰、锌、钼等多种元素，提高营养水平；解钾、解磷细菌在生命活动中产生赤霉素、细胞分裂素、吲哚乙酸等生物活性物质，可有效地刺激农作物生长发育。

功能菌加入各种肥料中的抗生菌在土壤中可迅速定殖，其所产生的抗菌素能有效抑制土壤中30余种常见土传病害，对作物生长有独特的防病保苗作用，同时可分泌大量的植物生长调节物质，可增产增收，提高作物品质，在重茬作物上使用可有效降低作物的连作障碍。常年使用生物功能菌可有效改良土壤结构及微生态环境。